Tout a commencé il y a plus d’un mois dans la ville de San Diego en Californie. Celle ci ne répondait plus depuis plusieurs jours, aucun contact, aucun signe de vie, comme si la vie avait subitement disparu. Un premier groupe d'intervention fut envoyé pour évaluer la situation. Mais les jours passent et l’équipe envoyée pour les aider n'a jamais fait de rapport, aucune nouvelle…. Une deuxième équipe fut envoyée sous les ordres du Commandant Emmerich. Cette fois-ci, des nouvelles sont parvenues au centre de l’armée. « Des voitures sont abandonnées au milieu de la route. On dirait que tout le monde c'est volatilisés, comme si ils avaient fuit précipitamment quelque chose ». La situation est hors de contrôle. Ne pouvant échapper au destin, le Président décide de détruire la ville. Envoyant plusieurs bombes sur la ville. Une heure plus tard, la ville est raillée de la carte. Les semaines passent et tout semble être retourné à la normale. Mais un bateau avec un équipage infecté débarque sur les côtés de la Californie et alerte les autorités, qui envoient directement une équipe de nettoyeurs. La menace effacé, la zone en quarantaine, ils envoient plusieurs équipes pour trouver la source du virus… et la source semble se trouver sur une île privé. Des espions et des militaires sont envoyés afin de trouver et neutraliser cette source. Mais Solid Corporation les attend… et plusieurs pièges ont été préparés pour accueillir les nouveaux arrivants.